Шейдт был одним из самых выдающихся композиторов Германии того времени, особенно в области органной музыки. Его 3 тома "Tabulatura nova" являются монументальными сборниками песен и танцев, фантазий, токкат, фуг и литургических пьес для лютеранских обрядов. Также его четыре книги "Geistliche Konzerte" иллюстрируют способы разработки хорала, объединение ораторский идей с контрапунктом. Творчество Шейдта представляет расцвет нового северо-германского стиля, который образовался главным образом в результате протестантской Реформации. Южные германские государства оставались под духовным и художественным влиянием католического Рима и большинство музыкантов сочиняли по итальянским образцам. На севере Германии, в протестантских областях, разрабатывались новые стилистические идеи, которые значительно отличались от практики южных соседей.

Музыка Шейдта находится в двух основных категориях: инструментальная музыка, в том числе большое количество клавирной музыки, в основном для органа, а также духовная вокальная музыка, как "а капелла", так и с инструментальным сопровождением и генерал-басом. Его органная музыка была известна более века, пока её не затмила музыка И.С.Баха.