Из-за отсутствия источников очень мало известно о французской клавесинной музыке первой половине 17 века и Жак Шамбоньер выступает как единственный крупный композитор этого времени с большим количеством сохранившихся работ. Всего в его наследии более 150 произведений, почти все из них танцы (аллеманды, куранты, сарабанды, жиги, чаконы, паваны, гальярды и другие). Около семидесяти работ были опубликованы самим композитором в 1670 году в двух томах "Пьесы для клавесина" (Les pieces de clavessin), остальные произведения сохранились в рукописных источниках, большинство из которых были открыты только во второй половине 20-го века. Ещё есть ряд пьес, авторство которых возможно принадлежит Шамбоньеру.

Строгий и величавый стиль Шамбоньера сформировался на основе традиций французской лютневой музыки, представителями которой были Жермен Пинель, Эннемонд и Дениз Готье. Шамбоньер одним из первых клавесинистов начал вводить орнаментацию мелодии — трели, форшлаги, морденты, группетто. Одной из определяющих характеристик его музыки является широкая и ясная мелодическая линия, однако под приятной мелодической поверхностью скрывается существенная полифоническая сложность и контрапункт.